У 1800—1803 рр. перший вікарій Київської Митрополії єпископ Чигиринський Феофан (Шиянов) побудував в урочищі Лазаревщині, під Києвом, дерев’яну церкву на честь спогаду дива Архістратига Михаїла в Хонах і заміський будинок для преосвященних намісників Михайлівського Золотоверхого монастиря. Після освячення храму в 1803 р. київський митрополит Гавриїл (Банулеско) благословив перейменувати Лазаревщину у Феофанію. З тих пір Феофания перетворилася на острівець молитви і відпочинку для настоятелів Михайлівського монастиря. Любив тут бувати і свт. Інокентій Херсонський (Борисов), настоятель Михайлівського Золотоверхого монастиря в 1836—1841 рр. Натхненний красою тутешньої природи владика назвав Феофанію «Київським Єрусалимом», даючи потокам, пагорбам і долинам біблейські назви. Тут же цей «Російський Златоуст» написав безліч своїх прекрасних проповідей. У 1861 р. єпископ Серафим (Аретинський, настоятель Михайлівського Золотоверхого монастиря 1859—1865 рр.) благословив відкрити у Феофанії скит від Михайлівського монастиря і доручив облаштування обителі досвідченому подвижникові благочестя ігуменові Воніфатію (Виноградівському). Працями старця і перших насельників був відновлений занепалий дерев’яний храм, побудовані келії для братії, готель і странноприймальня, а також необхідні господарські будівлі.

З перших днів в обителі встановили щоденне Богослужіння та читання Невсипної Псалтирі. Щодня в множині старець приймав і годував мандрівників, паломників, жебраків і калік. Іноді до 40 чоловік цієї братії залишалися зимувати в скиту на утриманні старця і благодійників скиту.

Ігумен Воніфатій управляв обителлю з 1861 по 1871 рр. до своєї кончини, про яку був повідомлений Богом. Знаючи день свого відходу, старець склав духівництво братією і замість себе поставив скитоначальником одностайного йому схиігумена Іринарха, який управляв обителлю ще 30 років. Цьому благочестивому старцеві, що пожив в іночестві 59 років, Феофания зобов’язана своїм процвітанням і множенням братії.

26 лютого 1915 р. скіт Феофанія отримує статус самостійного Свято-Пантелеімонівського монастиря, настоятелем якого обирають з числа чернечої братії.

З приходом радянської влади монастир терпить утиски і гоніння. У 20-х рр. ХХ ст. на території Феофанії розташовується дитячий будинок, пізніше агрошкола. У вересні 1930 р. усі чотири храми обителі були закриті, а саме:
1. Храм на честь дива Архістратига Михайла (побудований в 1803 р., відновлений в 1861 і 1872гг.);
2. Храм Усіх святих на монастирському кладовищі (побудований в 1869 г.);
3. Храм на честь «Володимирської” ікони Божої Матері (побудований в 1900 г.);
4. Собор св. вмч. і Цілителя Пантелеімона (побудований в 1914 г.);

Всі будівлі із скотним і пташиним дворами були передані сорабкоопівському господарству і профспілковій школі. Монастир припинив своє існування. З 1961 р. всі будівлі і територія монастиря переходить в розпорядження Інституту механіки АН УРСР, співробітники якого проводили у будівлі собору різні експерименти, в т. ч. з вибухами спрямованої дії.

20 травня 1990 р. знівечена будівля Собору була повернена Церкві і першим його настоятелем був призначений архім. Серафім (Дем’янів), нині єпископ Яготинський, вікарій Київської митрополії. Прагнучи не лише відновити Собор, але і відродити чернече життя на місці давньої обителі, настоятель звернувся до ігумені Свято-Покровського монастиря з пропозицією влаштувати у Феофанії жіночий скит.

З благословення блаженнішого Володимира, митрополита Київського і всієї України, матінка Маргарита (Зюкіна) благословила у Феофанію перших сестер. Так засвічена була лампада нового монастиря. Поновилися щодня Богослужіння, звичай невсипного читання Псалтирі, налагоджувався монастирський побут, пішло відновлення всіх корпусів обителі.

У 1998 р. блаженніший митрополит Володимир освятив відремонтований Собор св. вмч. і цілителя Пантелеімона.

З 2002 р. скит Феофанія став самостійним спільножитнім монастирем, з числа сестер була обрана ігуменя Єлизавета (Андреєва).

У 2005 р. побудован чернечий корпус з домовим храмом на честь дива Архістратига Михаїла з дзвіницею.

22 червня 2003 р. після 73-річного запустіння відбулася передача храму всіх святинь монастирю. Після Божественної Літургії духовенство і сестри монастиря на чолі з настоятелем архім. Серафимом пішли хресним ходом до церкви Всіх Святих, де відслужили перший молебень. Там були присутні прихожани й гості. Напівзруйнований і знівечений храм повністю був реставрований, розписаний і освячений 16 травня 2009 р. Нині закінчується будівництво Святих воріт обителі.

Милістю Божою на сьогодні в монастирі чинно проходять монастирські богослужіння. Сестри працюють на різних послухах: в саду й городі, кухні і трапезі, просфорні і пекарні, квітниках і швейній, прикрашають храми і територію монастиря. Є в обителі корівник і своя пасіка.