Братський монастир було засновано у 1615 р. на землях міщанки Галшки Гулевичівни. Соборну Богоявленську церкву закладено в 1620 р. гетьманом Петром Сагайдачним у центрі площі. Вона була збудована в кращих традиціях українського народного зодчества, про що свідчить зображення її на малюнку-панорамі Києва 1651 р. Сирійський мандрівник Павло Алеппський у середині XVII ст. записав у своїх нотатках, що на території Братського монастиря розміщувалися дві тоді ще дерев’яні церкви – Благовіщенська надбрамна та Богоявленська церкви. “В п’ятницю ми слухали літургію у великому монастирі, що називається на їх мові Сагайдачного…Він на честь Богоявлення і має ігумена й монахів. Кругом великої церкви йде аркада опасання, у ній троє дверей, вона з трьома куполами. Вона грандіозна, велика й має амвон зі сходами. У хоросі є також дерев’яний круглий поміст; місця для стояння (форми) йдуть рядами праворуч і ліворуч і звернені на схід перед ними праворуч від хороса красиве архієрейське місце, задня сторона якого решітчаста. Кругом церкви споруди величаві й дуже великі”.
Свого розквіту Братський Богоявленський монастир і Києво-Могилянський колегіум досягають в роки меценатської діяльності Івана Мазепи. 21 травня 1693 р. гетьман подав листа московським царевичам Івану й Петру І. В ньому висловлювалося прохання відрядити до Києва відомого московського зодчего Йосипа Старцева (у Києві також спорудив Микільський собор і створив абрис (кресленик) для зведення мурованого академічного корпусу колегіуму). На панегірику 1706 р. художника І. Мігури на честь Івана Мазепи у верхньому рядку зображено шість соборів, будівництво яких фундував гетьман. Другим зліва зображено Богоявленський собор Братського монастиря. Попри те, що лист Мазепи свідчить на користь того, що автором Богоявленського собору є Старцев, окремі мистецтвознавці доводять авторство Івана Зарудного – вихованця Києво-Могялснької колегії, українця за походженням, що прославився своїми роботами в Москві та Санкт-Петербурзі. За цією версією Й. Старцев брав участь у створенні собору тільки в якості рядового виконавця будівельних робіт. Доказом цього є й стилістична відмінність московських споруд Старцева і Микільського та Богоявленського соборів Києва. Проте в такому разі сумнівним видається участь прославленого російського майстра в якості пересічного виконроба й великий гонорар, який йому сплачував особисто І. Мазепа.
Будівництво Богоявленського собору було завершено у 1693 р. Спорудження велетенського п’ятикупольного Богоявленського собору започаткувало інтенсивне формування архітектурного ансамблю монастиря. Богоявленський собор був однією з найбільших споруд тогочасного Києва. Він у плані мав видовжену майже невиявлену хрестоподібну форму, поділявся на три апсиди. Розпланувальна організація собору нагадувала давньоруський тринефний хрестово-купольний храм із шістьма опорними стовпами. На чотири перші від трьох абсид на сході спирався центральний купол. На західному фасаді чітко виділялися два баштоподібних виступи. Центральний купол не набагато різнився від чотирьох інших. Могутній компактний об’єм пожвавлювався наріжними пілястрами, що в нижній частині спиралися на п’єдестали і по горизонталі мали кілька поясків. Увінчував стіни антаблемент із розвиненим у висоту карнизом. На фризі було закомпоновано зображення янголят. Фризи західного фасаду й куполів мали прикрасу у вигляді полив’яних керамічних розеток. Невеликі вузькі вікна, оздоблені розірваними фронтончиками, були високо підняті над землею. Із суворою монументальністю основного об’єму різко контрастувало оздоблення фронтонів, що розміщувались над карнизом на північному, південному й західному фасаді. У розкішних барокових картушах фронтону красувався барвистий живопис. До 1709 р. в композицію фронтону входив герб Мазепи, та після Полтавської баталії герб поспіхом збили.
Інтер’єри собору розписано було українським художником І. Квятковським та італійським майстром Дж. Б.Скотті. У храмі знаходилася чудотворна ікона Божої Матері XVII ст. (образ походить із Вишгородського храму, де врятував місто від руйнацій від війська Януша Радзивілла. До Києва потрапила по Дніпру). Над царськими вратами іконостаса висів кипарисовий хрест, яким Константинопольський патріарх Феофан затвердив ставропігію Київського братства. У ризниці храму зберігався восьмикінцевий срібний хрест Петра Сагайдачного. Біля південної стіни собору в інтер’єрі гетьмана біло поховано. Ще однією реліквією був напрестольний срібний хрест із розп’яттям, подарований Петром Могилою.
1756 р. за проектом архітектора Степана Ковніра поруч із собором було споруджено дзвіницю, яка після пожежі 1811 р. була перебудована. Сам храм під час пожежі частково постраждав — згорів іконостас, довелося перероблювати перекриття башт. Тож 1825 р. за проектом архітектора Андрія Меленського було створено іконостас.
Духовне життя монастиря та собору припинилося у 1920-і рр. Територію монастиря передали під поліклініку та частково — Академії наук. Згідно з постановою Уряду Української РСР від 1926 р. монастирський комплекс було оголошено пам’яткою архітектури республіканського значення. 21 січня 1934 р. ВУЦВК УРСР прийняв постанову про перенесення столиці України з Харкова до Києва. Генеральний план забудови Києва виконав інженер П. Хаустов. Новий генплан столиці УРСР оцінив харківський професор О. Молокін: «Забудова Києва за наперед розробленим планом генеральної реконструкції дає змогу обернути колишнє місто церков і монастирів на архітектурно викінчений, дійсно соціалістичний центр Радянської України». У лютому 1935 р. Київська обласна інспекція охорони пам’яток провела фотофіксацію споруд, а в кінці того ж року Богоявленський собор і дзвіницю розібрали без усяких мотивацій. На місці підмурків собору влаштували плац для муштри курсантів Київського військово-морського політичного училища, а поруч звели житловий будинок для командирів і політпрацівників.
В 1990-тих – 2000-тих – 2010-тих рр. постало питання про можливу відбудову святині. Собор був доданий у “Програму відтворення видатних пам’яток історії та культури України”. Відбудова собору є необхідною умовою відродження Подолу. У 2007 р. було відновлено храм Святого Духа. На місці Богоявленського собору зараз знаходиться один з корпусів Києво-Могилянської академії. На місці дзвіниці – портик з колонами одного з академічних корпусів.
У монастирі свято шанується чудотворна Києво-Братська ікона Божої Матері, яка стала в 1654 р. в місті Вишгороді, але в 1662 р., під час війни з поляками й татарами, була пущена в Дніпро і припливла до Києва до берега Подолу, де і була вийнята з води і перенесена в монастир. Святкування на честь цієї святої ікони відбувається 10 травня, 2 червня, 6 вересня і в суботу 5-го тижня Великого посту.
