Відродження Голосіївської Пустині почалося за митрополита Київського і Галицького Філарета (Амфітеатрова, †1857). Святитель побудував тут митрополичий будинок з домовою церквою в ім’я прп. Іоанна Багатостраждального (1839), Свято-Покровський храм (1846) з прибудовами на честь Трьох Святителів і вмч. Іоанна Сочавського, перейменував церкву на честь вмч. Іоанна на честь ікони Божої Матері «Живоносне Джерело», келії, огорожу і найменовував Пустинь Свято-Покровською.

Владика вважав себе в Голосієво настоятелем, проводив тут кожну весну і літо разом зі своїм духівником прп. Парфенієм Київським (†1855). Преподобний говорив про Пустинь так: «Тут носиться дух преподобних отців наших Печерських. І якщо є на землі розрада і радість – то це в пустинній безмовності. Люди відлучають нас від Бога, а пустинь наближає до Нього». По благословенню свт. Філарета прп. Парфеній був похований в церкві на честь ікони Божої Матері «Живоносне Джерело» (могила не збереглася).

Обидва подвижники виховали гідного учня — прп. Алексія Голосіївського (Шепелева, †1917), що став для киян, і не лише для них, старцем, люблячим духовним батьком. Більше 30 років він прожив в Києво-Печерській Лаврі, більше 20 — в Голосіївській Пустині, не втомлюючись духовно окормляти тисячі людей. Похований преподобний за храмом на честь ікони Божої Матері «Живоносный Джерело» (могила не збереглася).

У 1923 р. Голосіївська Пустинь була скасована новою безбожною владою. У 30-і роки ченці були виселені, а храми зруйновані. У 1941 р. через Пустинь проходила друга лінія оборони за м. Київ, велися запеклі бої. У жовтні 1941 р. тут загинула черниця Олена, рятуючи людей від голоду. Похована на чернечому кладовищі.

До 1970-х рр. Голосіївська Пустинь практично повністю зруйнувалася. Вціліла тільки частина чернечого кладовища з могилою прп. Алексія, до якої невпинно йшли люди.

З 1979 по 1988 рр. на розвалинах Голосіївської Пустині оселилася Христа ради юродива черниця Аліпія (Авдєєва), що молилася про відродження Голосіївської Пустині і передбачила розквіт обителі. Почила матінка 30 жовтня 1988 р. і була похована на Лісовому кладовищі. 18 травня 2006 р. прах черниці Аліпії був перенесений в Голосіївський монастир. Чесні останки черниці Аліпії були поховані в усипальні під храмом на честь ікони Божої Матері «Живоносне Джерело».

У 1993 р. почалося відродження Голосіївської Пустині. 4 жовтня після прославлення в лиці святих прп. Алексія Голосіївського, відбулося набуття його мощей.

З 1996 р. Голосіївська Пустинь — самостійний чоловічий монастир. Нині відновлені церква на честь ікони Божої Матері «Живоносне Джерело», чернече кладовище, побудований братський і адміністративні корпуси, Будинок намісника, господарський двір, церковна крамниця, Трапезна церква, закінчуються роботи в Домовій церкві на честь прп. Іоанна Сочавського. У 2007 р. монастир був захищений огорожею.

З 1993 р. і до цього часу обитель очолює архімандрит Ісаакій (Андронік).

Намісник монастиря:

Архімандрит Ісаакій (Андронік)

Кількість насельників:

18 насельників:

Священиків – 12
Дияконів – 3
Ченців – 2
Послушників – 1

Правила вступу до обителі:

У монастир приймаються особи чоловічої статі, православного віросповідання у віці від 20 до 40 років. Пострижені в іночеський або чернечий чин і ті, хто прийняли висвячування в інших монастирях, в обитель не приймаються.